Al suo interno si trovano l'altare maggiore progettato da Gian Lorenzo Bernini e la grande tela con l'Apparizione di Cristo a Sant'Ignazio ad opera di Pietro da Cortona.
Nel 1641 iniziarono i lavori di costruzione del Collegio dei Gesuiti e nel 1647 quelli della Chiesa di Sant’Ignazio di Loyola, titolata dal 1774 allo Spirito Santo, che rappresentò per Pistoia l’edificio “nuovo”, rispetto ai lavori condotti sugli edifici di origine medievale.
Nella grande aula si innestano gli elementi decorativi del barocco romano. A Ludovico Gemignani, uno degli artisti che insieme al padre Giacinto lavorarono per Giulio Rospigliosi, il Cardinale, prima che diventasse Papa con il nome di Clemente IX, commissionò le tre tele per la cappella di patronato della famiglia, mentre nel 1664 fece realizzare il maestoso organo Hermans.
Ma l’opera più importante è l’altare maggiore della chiesa, per il quale Giulio Rospigliosi si rivolse a Gian Lorenzo Bernini, realizzato nel 1670 da Mattia de’Rossi. Sull’altare il cardinale fece porre la grande pala di Pietro Berrettini da Cortona, raffigurante l’Apparizione di Cristo a Sant’Ignazio. Di lato alla chiesa, si trova il Palazzo della famiglia Rospigliosi.
